过度开发和自然生态因素叠加致使局地生态系统功能失调。甘肃省境内冰川50年间总面积减少441千米2，退缩率为35.6%。水土流失加剧，土地沙漠化面积日益扩大，根据甘肃省第三次土壤侵蚀遥感调查结果，祁连山地区水土流失面积占46.5%。生物多样性受损，由于人为干扰和破坏，野生动物分布范围大幅度缩减，数量急剧下降，特别是具有较高经济价值的珍稀濒危野生动物栖息地遭到破坏。
祁连山地区之前存在的非法采矿、水电过度开发等对生态环境产造成了严重的破坏，针对祁连山生态环境破坏问题，采取了诸如全面退出矿业权、解决林草“一地两证”问题，搬迁保护区核心区农牧民、实施重点生态保护工程。当地政府以全面改善生态环境质量和提高绿色发展竞争力为主线，以推动甘肃省祁连山地区生态文明建设与绿色发展为核心，以生态保护红线、环境质量底线、资源利用上线和生态环境准入负面清单为手段，以优化生态空间、发展绿色经济、改善生态环境、创新长效机制为抓手，不断提高区域生态文明建设水平，探索建立生态文明建设的“祁连山模式”。
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