莒县农作物播种面积11万公顷，化肥施用量为535.9kg/hm2。主要原因是蔬菜等高效作物种植面积较大，复种指数较高，对化肥的需求量较多，同时，由于施肥技术落后，化肥平均利用率低，大量的氮、磷流入水体，造成水体富营养化，氨的挥发和反硝化脱氮对大气也造成一定影响。此外，还导致土壤营养失调，结构破坏，促进土壤酸化，降低微生物活性。而且，使用地膜时，地膜残留，影响根系发育，同时造成耕地理化性状恶化，通透性变差，分解产生的有毒物质污染土壤。大量秸秆丢弃在田间地头或沟渠，放火焚烧或任其腐烂，对水体和大气造成严重污染，给地表微生物群系造成毁灭性损害。莒县农村地区大量养殖畜禽，畜禽粪便通常采用自然堆放的方法进行分解、发酵，最后还田。在存放过程中，释放恶臭气体，污染大气；同时，粪便中有毒有害物质通过雨水冲淋、地表径流等方式污染水体。
生活垃圾污染现状
生活垃圾主要分为可回收垃圾和不可回收垃圾两类。莒县的生活垃圾在不可回收垃圾中以厨余垃圾占比最高，占生活垃圾比重40%-60%。在实际调查中发现，居民内部环境整洁，干净优雅，但在房子周围或者小溪，沟壑等地却满是废弃物，这些废弃物以人们日常生活垃圾和厨余垃圾为主，并有居民在装修过程中产生的建筑垃圾，生活垃圾有不易处理的塑料袋、玻璃以及废旧家具等，还有多种多样腐烂的食品等，都滋生大量细菌且散发着异味及臭气。
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