1.服务功能薄弱
目前，我国基层医疗机构的公共卫生服务现状与大型医院的专业技术以及医疗设备相比，基层医疗机构服务功能较弱、设备不够先进、专业技术不高。大多数的民众在有看病需求时，通常会选择大医院进行疾病的诊治，这是由于我国基层医疗机构公共卫生服务水平有限和管理体系建设尚未完善导致的。我国基层医疗机构的服务质量有待提升，对于人民的健康管理工作专业性有待强化。
2.服务项目缺失
基层医疗机构的服务项目以常见的康复服务、接种育苗、预防感染为主，通常是以处理突发事件为核心，缺少老年人的健康管理项目以及慢性病的项目内容，在日后发展中仍需要更进一步的完善。受到基层医疗机构服务项目不足的影响，日常人们的健康管理需求难以在基层医疗机构中得到满足，这在一定程度上也阻碍了基层医疗机构的稳健发展。目前对于居民的实际健康情况，部分医疗机构逐渐建立起了健康档案，但是缺少对健康档案的合理高效管理。基层医疗机构的公共卫生服务项目有待完善，管理水平有待提升。
3.缺少专业型人才
基层医疗机构的日常工作量较大，并且对于人才的需求较高，而我国基层医疗机构在专业性人才方面仍旧处于不饱和状态。目前在我国的医疗机构中，将康复服务、疾病预防等作为相关人员技术培训活动的重点，缺少对公共服务的重视，这会使我国基层医疗公共卫生服务水平有所降低，对公共卫生事业的长足发展会形成不利影响。从事我国基层医疗相关工作的工作人员收入过低，基层医疗机构中关于人员的考核制度不够完善，会导致专业人才流失严重。同时，一些基层医疗机构缺乏人才引进和定期组织医护人员培训的工作，因此基层医疗机构专业人才队伍建设面临着严峻的挑战。
4.突发公共卫生事件频发
近年来，重大突发公共卫生事件频繁发生，社区作为突发公共卫生事件应对前哨，习近平总书记多次强调其关键作用，并指出“社区是抗击疫情的两大阵地之一”。作为基层防控工作的主力军，社区卫生应急队伍的核心应急能力对保障公众健康、社会稳定有着重大的意义。目前社区卫生应急人员对于能力提升的需求比较迫切，其培训需求主要侧重于卫生应急现场响应和现场处置的实践技能。这也要求基层医疗改革要进一步提升基层卫生应急队伍应对重大传染病疫情的核心应急能力。
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