从正德八年（公元1514年）到嘉靖四年（公元1526年）知府杨蓁改建明伦堂于殿后修两齋门、仪门，共经历了12年；又过12年，知县邓恕重建会膳堂及号舍；从嘉靖二十年到二十七年（公元1542年到公元1549年）这7年间，先后有知县班佩、张天叙、杜果等重修。隆庆五年（公元1572年），知县杜伸修葺殿、庑，建戟门，还未完工他就离任了。到万历元年（公元1573年），知县陈学益继续做完前任未峻工的孔庙修复工作。十一年后，知县卢应瑜建乡贤名宦祠。又六年，知县陈廷诗教谕叶观光重修殿东隅，建啟圣祠。万历三十一年（公元1604年），推官高维岳、知县袁时选修殿庑新至圣像。崇祯九年（公元1637年），郡守朱敬衡知县陈时瑞重修正殿、两庑、棂星门和明伦堂。
崇祯十二年（公元1640年），台风袭击，推毁孔庙的主要部位。知县慎思永重建大成殿、两庑和明伦堂。这是一次较大规模的重修。到清朝顺治十七年（公元1661年），知县马光远倡捐款重修。康熙二十三年（公元1685年），知县宋国用重修正殿、两庑、棂星门、戟门和仪门。康熙四十二年（1704年）教瑜杨一世达修启圣祠，康熙五十六年（1718年），知县金熊飞重修正殿、启圣祠和明伦堂。
三年后，教瑜陈世宝修戟门。雍正元年（1723年）知县刘官冕重建明伦堂，未能峻工，二年后知县史随续建成。乾隆十三年（公元1749年）知县何自俊绅士捐修正殿仪门，棂星门也加以改建。乾隆三十五年（公元1771年），知县绂合绅士捐修正殿两庑和崇圣祠、明伦堂。乾隆六十年（公元1799年），学宫因地南逼横街座向癸丁兼丑未，因而北移十多丈，向癸丁兼子午正殿两庑。这期间，相继维修的有多宧乡贤祠、文昌祠、棂星门、泮池和明化堂等。道光十七年（1838年），知县黄榜率绅士梁思垣、梁光演、等重修学宫。八年后，知县张树勳绅士、黄煜、梁华等重建学宫。道光二十八年（1849年），知县喻炳荣重修棂星门和明伦堂。
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