国内主流医疗机构目前主要所能做的是初步界定是否属于自闭症治疗措施缺乏，主要以精神类药物、中药、针灸等方法治疗，药物治疗因缺乏能够改变孤独症的病程，改善核心症状的药物，且副作用大且一般只在患者伴随的精神神经症状明显，或威胁到自身或者他人安全或严重干扰患者接受教育和训练，影响日常生活，才使用药物对症治疗。
特殊教育和康复训练是目前国内所主要采用的方法，目前国内大大小小的康复训练服务机构大概有400家，其中约90%是孤独症儿童的父母自己筹办的。与此同时，从事这方面特殊教育的师资力量及经费也都严重匮乏，机构经营举步维艰。比较系统规范且有一定规模的只有少数的几家，且方法各异，对于目前国内自闭症的现状只能是杯水车薪，大多数是小作坊式的，缺乏专业的指导和资金支持。对自闭症的整体治疗效果不甚人意。亟待政府相关机构能够加大资源投入和行业的规范以及优化。
生物疗法主要通过相关检测和营养剂干预调节身体内部机转来达到治疗的最终效果，在国外由于有完善的检测手段和长期大量的实践经验，在治疗自闭症上取得很好的效果。而目前国内家长对于生物疗法的了解主要通过网络自己领悟摸索，个别有条件的家庭把孩子带到香港，或者其他在生物疗法方面做的比较好的国家或地区接收治疗，这些都不便于生物疗法的很好执行，其效果自然大打折扣。可恶的是，个别人员或机构为了牟利，打出一些灵丹妙药或彻底康复治疗仪来骗钱害人，需要我们的家长保持清醒的头脑。为了治疗好孩子的病很多家庭是倾其所有，四处奔波，但是收效甚微。
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