1959年，由父亲启蒙学习大提琴，并和家人迁居纽约。1962年，参加了为筹建华盛顿文化中心举行的巡回义演音乐会，美国总统肯尼迪夫妇出席晚会。1971年，16岁的马友友在纽约卡内基音乐厅举行独奏音乐会。1976年，他从哈佛大学毕业，取得人类学学位。1985年，首次获得格莱美奖最佳乐器独奏奖（无交响乐团）。1991年，哈佛大学授予他荣誉博士学位1998年，《马友友的巴赫灵感》问世 。1999年，与巴伦波因合作，和中东音乐家们组成的“中东青年管弦乐团”一起在德国威玛演出，同年获得顾尔德奖。
2006年，时任联合国秘书长的安南任命马友友为联合国和平使者，同年获得唐大卫奖。2011年，美国总统奥巴马在白宫举行了授勋仪式，为马友友等颁发了代表美国平民最高荣誉的总统自由勋章
对于马友友来说，他像是当代的卡萨尔斯（就是挖掘出巴赫大提琴组曲的传奇）。我想很多学习大提琴的学生都是以马友友为榜样。是马友友把大提琴由之前并不是人人皆知转变成了几乎家喻户晓。他对大提琴的发展和普及起到了巨大的作用。我个人认为刚过60的马友友，已经到了一个全新的音乐境界。不知大家是否听了他最近在bbc proms 整套巴赫组曲的音乐会。将近三个小时的音乐会，全场爆满，掌声雷动。对于马友友来说，已经超过了技术层面，完全是一种超越精神层面的感觉。在他的作品里，我最喜欢的是他在2016年发行的 Sing Me Home（歌咏乡愁）。
“丝绸之路”是著名华人音乐家马友友创办的非盈利机构，初衷是为了打破壁垒，打破全球化过程中“中心-边缘”的观念。吴彤于1999年接到邀请，并于2000年正式加入。吴彤表示，“乐团成立18年来一直希望通过音乐消除人与人、文化与文化间的隔阂，希望不同种族和信仰之间的相互理解和尊重，我想这是 最佳世界音乐 的真正内涵”。
合奏团中的艺术家多数移居海外，他们用饱含着独特经历的一首首曲子共同探寻“故乡的音乐”。《歌咏乡愁》专辑包括《文森之歌》、《小小鸟》、《婚礼》、《归乡》、《心与灵魂》等13首作品，邀请了莱安诺·吉登斯、莎拉·贾洛丝、阿比盖尔·沃什伯恩、雷戈里·波特等多位知名音乐家参与，呈现了世界各地音乐风情。专辑质朴而传统的音乐别具一格，丝绸之路合奏团中来自世界不同地方的艺术家挑选全球各地的原创与传统歌谣，加以改编，诠释了不断变化着的“故乡之意义”。
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