人类在史前时期已经能够利用各种不同的微生物了，早在4000多年前，中国古代劳动人民就从实践中发现了发酵现象。在如今，人类用微生物发酵创造了不少食物，例如：酒类、醋、酱油、酸奶等。酒类：果酒、啤酒、白酒及其他酒均是利用酿酒酵母，在厌氧条件下进行发酵，将葡萄糖转化为酒精生产，在果酒和啤酒的发酵中，酵母将果汁中或发酵液中的葡萄糖转化为酒精，而其他营养成分会部分被酵母利用，产生一些代谢产物，如氨基酸、维生素等，也会进入发酵的酒液中，因此，提高了酒中的营养价值。醋：食品店或超市出售的醋中，除了白醋是由化学合成的外，其他则是由醋酸菌在好氧条件下发酵，将固体发酵产生的酒精转化为醋酸生产的。酱油：酱油生产以大豆为主要原料，其他有麦麸、小麦、玉米等，将上述原料经过粉碎制成固体培养基，在好氧条件下，利用产生蛋白酶的霉菌，如黑曲霉进行发酵，微生物在生长过程中会产生大量的蛋白酶，将培养基中的蛋白质水解成小分子的肽和氨基酸，然后淋洗，调成酱油产品，因此酱油富含氨基酸和肽，具有特殊香味。酸奶：牛奶在厌氧的条件下，由乳酸菌发酵，将乳糖分解，并进一步发酵产生乳酸和其他有机酸，以及一些芳香物质和维生素等，同时蛋白质也部分水解。由此看来，在我们的日常生活中，不少日常食品都由微生物发酵而来，可想而知，微生物与我们日常息息相关。目前，研究人员还在不断对微生物发酵技术进行进行研究，相信在不久的将来，微生物发酵技术会给我们带来更多的美食。
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